首頁 » 分子生物學服務 » 基因合成服務 » 密碼子優(yōu)化 » GenSmart™免費在線密碼子優(yōu)化工具
作為先進的DNA合成供應商之一,金斯瑞持續(xù)創(chuàng)新,在提升DNA合成能力的同時,致力于引進先進的算法來優(yōu)化基因的表達,以滿足不同應用的需求。GenSmart™ Codon Optimization是基于我們當前開發(fā)并在多個國家和地區(qū)經(jīng)過測試的在線密碼子優(yōu)化工具,可以用于真核生物和原核生物基因表達的優(yōu)化。
綜合群體遺傳學和免疫學理論,并考慮了基因表達的多因素影響,金斯瑞開發(fā)了群體免疫算法--Population Immune Algorithm(中國專利號:ZL 201980050408.0),旨在將兩種生物學理論有機結(jié)合,指導蛋白表達的調(diào)控,進而優(yōu)化表達產(chǎn)量和質(zhì)量。在開發(fā)的過程中,研發(fā)小組篩選并驗證了超200種基因表達影響因素,包括GC含量、密碼子使用頻率和RNA酶的剪接位點、RNA穩(wěn)定反式作用元件。較其他研究,我們的算法注重考慮多因素平衡,以保證給到所有關鍵因素的權(quán)重合適。因此,通過GenSmart™ Codon Optimization的優(yōu)化,每個基因的優(yōu)化都是定制化的優(yōu)化,進而獲得具有功能和活動蛋白的機會。
與市面上提供的其他密碼子優(yōu)化工具相比,GenSmart™ Codon Optimization更方便獲取,界面更友好。所有的關鍵因素都已經(jīng)整合進算法,只需填寫基本的信息(比如序列和宿主),即可完成一鍵優(yōu)化。
目的: 評估GenSmart™ Codon Optimization工具對于JNK3和GFP蛋白表達的優(yōu)化提升。
方法: 將野生型和優(yōu)化后的序列分別克隆到某一表達載體中,通過Western Blot來檢測在CHO 3E7中的蛋白表達情況(表達數(shù)據(jù)來自三個單獨的克?。?
結(jié)果: 通過GenSmart™ Codon Optimization優(yōu)化后的GFP和JNK較野生型都有顯著的提升,分別為18和約8倍的提升。
目的:評估不同密碼子優(yōu)化工具優(yōu)化后的堿基編輯蛋白BE4在基因編輯效率上的影響。
方法: 借助來自不同公司的密碼子優(yōu)化工具, 包括金斯瑞(GS), GeneArt (GA), Coller (JC)和IDT,在HEK293中評估基因表達和基因編輯的效率。
結(jié)果: 在基因表達層面,金斯瑞、GeneArt和Coller的工具表現(xiàn)均優(yōu)于IDT;在基因編輯層面,金斯瑞工具的表現(xiàn)優(yōu)于其他工具。
參考文獻